企业所得税纳税检查后帐务调整主要是根据纳税检查查出的问题性质来进行的。企业所得税纳税检查查补纠正的问题，可概括为如下两类：
(一)对于查出的纳税调整误差额的纠正《中华人民共和国企业所得税暂行条例》第九条规定，纳税人在计算应纳税所得额时，其财务、会计处理办法同国家有关税收的规定有抵触的，应当按照国家有关税收的规定计算纳税。也就是说，目前企业按照会计核算的原则计算的利润总额与按照税法的有关规定计算的应纳税所得额两者有一定差异，因此必须进行纳税调整，即纳税人填报企业所得税申报表时，应按财务会计核算计算出来的利润总额，调整为按税法规定计算出来的纳税所得。
在进行企业所得税纳税检查时，对于属于纳税调整的项目，主要是从口径和计算时期来核对检查，如果发现企业纳税申报中其纳税调整额出现误差，应及时责其纠正，在帐上作补缴企业所得税和罚款会计处理。不作其他帐务调整。
(二)对于查出的会计利润差额的纠正进行纳税检查时，对于企业会计利润的检查，主要从利润额的各个组成部分进行。如：
1、通过“产品销售收入”和“其他业务收入”帐户进行检查，该帐户贷方反映的是销售收入以及除产品销售以外的其他销售或其他业务收入，多征或少征销售收入和其他业务收入，直接影响利润额的增加或减少，因此可按误差额调增或调减利润。
2、通过“产品销售成本”帐户进行检查，“产品销售成本”帐户借方反映的是销售产品成本，发生错误属多记或少记销售产品成本的情况。因此可根据误差的多少调增或调减利润。
3、通过“管理费用”、“销售费用”、“财务费用”、“营业外支出”帐户进行检查，这些费用有的属于集合分配帐户，有的属于期间费用，期末均转入“本年利润”帐户，查补纠正其误差额可直接调整增减利润。
4、通过“投资收益”、“营业外收入”帐户进行检查，投资收益与营业外收入是企业利润总额的组成部分，出现的误差直接影响企业的当期利润，因此，可按误差直接调整增减利润。
5、通过“产品销售税金及附加”帐户进行检查，该帐户核算营业税、消费税、城建税、教育附加等，其误差额直接影响会计利润，应于调增或调减。
对于以上问题的查补纠正，企业应按纳税检查报告进行补缴企业所得税的会计处理，并对有关项目进行帐务调整。
(三)企业所得税纳税检查帐务调整涉及主要会计科目
1、企业所得税纳税检查期若在年终结帐前，查出的会计利润误差额，直接通过“本年利润”会计科目进行调整，使错误问题得以纠正，即若因企业会计错误帐项需调增利润的，应作如下会计调整分录：
借：有关科目
贷：本年利润
若因企业会计错误帐项需要调减利润的，则应作如下会计分录：
借：本年利润
贷：有关科目
2、企业所得税纳税检查期若在年终结帐后，即在纳税检查中查出的属以前年度的错误问题，凡是涉及需要调增调减会计利润额，应在“以前年度损益调整”会计科目中调整。若上年帐项需要调增利润的，则可作如下调分录：
借：有关科目
贷：以前年度损益调整
若上年错误项需要调减利润的，则应作如下调整分录：
借：以前年度损益调整
贷：有关科目
期末，企业应将“以前年度损益调整”科目的金额转入“本年利润”科目，结转后，该科目应无余额。
