总、分机构企业所得税实行按月或按季申报，就地预缴。
总机构应将统一计算的企业当期应纳企业所得税额，按核定的分配比例，计算总机构和各分支机构当期应纳税额，由总机构和分支机构分别向所在地主管税务机关办理纳税申报。
各分支机构不进行企业所得税汇算清缴，统一由总机构按照相关规定进行。
总机构根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，按规定的分摊比例，计算总机构和各分支机构的应纳企业所得税额，扣除各自已预缴的税款，分别由总机构和分支机构多退少补。
依据《中华人民共和国企业所得税法》第五十九条第二款规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。如果是设立的分公司，分公司不具有法人地位，而依据新的企业所得税法规定，企业所得税实行法人所得税制，所以需要按规定汇总计算并按规定缴纳企业所得税。
汇算清缴时总分机构都需要报送哪些报表，系统分配不正确怎么办？
参考国家税务总局公告2012年第57号、2011年第25号以及2014年第28号的相关规定，汇总纳税企业总分机构需要报送的报表包括：总机构：企业所得税年度纳税申报表（A类，2017年版）、总机构以及下属各分支机构的年度财务报表、总机构下属各分支机构纳税调整项目明细表（表样为A105000，表内不设置勾稽关系）；分支机构：汇算清缴参考企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）、企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表、分支机构纳税调整项目明细表（A105000）、资产损失税前扣除及纳税调整明细表（A105090）、资产损失（专项申报）税前扣除及纳税调整明细表（A105091）。
分支机构无需填写基础信息表，如果网报系统对于报表分配有误，可以到主管税务机关申请重新分配报表。
以上请参考，具体需要看主管税局的要求。
