根据《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》(国家税务总局公告2011年第25号)第二十七条的规定，存货报废、毁损或变质损失，为其计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：(一)存货计税成本的确定依据；(二)企业内部关于存货报废、毁损、变质、残值情况说明及核销资料；(三)涉及责任人赔偿的，应当有赔偿情况说明；(四)该项损失数额较大的(指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上)，应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。
自然灾害造成商品损失的会计处理该怎么做？
答：
一、自然灾害造成商品损失，进项税额税额是准予在抵扣的。其会计处理：
借：待处理财产损溢
贷： 库存商品
批准后，净损失，
借：营业外支出
贷：待处理财产损溢
二、自然灾害损失进项税额不做转出。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务;非正常损失的购进货物及相关的应税劳务;非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务;国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品;本条前4项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费。
税法上所说的非正常损失，只是指因管理不善所造成的。自然灾害不是人为所能控制的，地震等自然灾害造成的损失不属于非正常损失，不需要做进项税额转出，这是考虑到受灾企业的负担，自然灾害造成的税额减少，不是企业管理不善等主观行为，这是国家税收政策公平公正人性化的表现。
三、所得税税前扣除要专项申报
《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》中明确：本通知所称资产损失，是指企业在生产经营活动中实际发生的、与取得应税收入有关的资产损失，包括现金损失，存款损失，坏账损失，贷款损失，股权投资损失，固定资产和存货的盘亏、毁损、报废、被盗损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。
对企业毁损、报废的固定资产或存货，以该固定资产的账面净值或存货的成本减除残值、保险赔款和责任人赔偿后的余额，作为固定资产或存货毁损、报废损失在计算应纳税所得额时扣除。
《国家税务总局关于发布<企业资产损失所得税税前扣除管理办法>的公告》也明确：资产损失分为实际资产损失和法定资产损失两类。两类资产损失的申报扣除时间，均要求会计上已作损失处理年度申报扣除。企业资产损失按其申报内容和要求的不同，分为清单申报和专项申报两种申报形式。
