压线开具的货运增值税专用发票不能抵扣。依据如下 ：
《增值税专用发票使用规定》国税发〔2006〕156号第十一条规定：专用发票应按下列要求开具：
(一)项目齐全，与实际交易相符;
(二)字迹清楚，不得压线、错格;
(三)发票联和抵扣联加盖发票专用章;
(四)按照增值税纳税义务的发生时间开具。对不符合上列要求的专用发票，购买方有权拒收。第十二条规定：一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，并加盖财务专用章或者发票专用章。所以发票需要按实开具。由于“营改增”应税劳务不象销售货物一样有非常清晰的数量、单位、单价，所以尽量要求开具详细。如果属于汇总开具专用发票的，必须同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，否则不予抵扣。
货物运输业增值税专用发票的要求
货物运输业增值税专用发票纸张、式样、内容及防伪措施要求如下：
（一）使用专用的无碳复写纸。
（二）发票规格为240mm×178mm。
（三）发票各联次颜色与现有增值税专用发票相同，各联次的颜色依次为黑、绿、棕、红、灰和紫色。
（四）发票内容包括：发票代码、发票号码、开票日期、
承运人及纳税人识别号、实际受票方及纳税人识别号、收货人及纳税人识别号、发货人及纳税人识别号、密码区、起运地、经由、到达地、费用项目及金额、运输货物信息、合计金额、税率、税额、机器编号、价税合计（大写）、小写、车种车号、车船吨位、主管税务机关及代码、备注、收款人、复核人、开票人、承运人（章）。
（五）发票代码为10位，编码原则：第1-4位代表省、自治区、直辖市和计划单列市，第5-6位代表制版年度，第7位代表批次（分别用1、2、3、4表示四个季度），第8位代表票种（7代表货物运输业增值税专用发票），第9位代表发票联次（分别用3和6表示三联和六联），第10位代表发票金额版本号（目前统一用“0”表示电脑发票）。
发票号码为8位，按年度、分批次编制。
（六）货物运输业增值税专用发票的防伪措施与现有增值税专用发票相同。
四、货物运输业增值税专用发票的发售价格与增值税专用发票的发售价格一致。
