答：1.补充医疗保险不属于免税项目。《中华人民共和国个人所得税法》第四条第四项列明“福利费、抚恤金、救济金”个人所得，免纳个人所得税。《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十四条对此有详细规定：“税法第四条第四项所说的福利费，是指根据国家有关规定，从企业、事业单位、国家机关、社会团体提留的福利费或者工会经费中支付给个人的生活补助费；所说的救济金，是指国家民政部门支付给个人的生活困难补助费。”国家税务总局发出的《关于生活补助费范围确定问题的通知》（国税发〔1998〕155号）第二条第二项规定，从福利费和工会经费中支付给本单位职工的人人有份的补贴、补助应当并入纳税人的工资、薪金收入计征个人所得税。案例中的补充医疗保险适用范围为本公司所有劳动合同制员工，即为人人有份的补贴、补助，且是一种长期的制度而不属于临时性生活困难补助，因此不属于个人所得税免税规定。
2.补充医疗保险应并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕318号）规定：依据《中华人民共和国个人所得税法》及有关规定，对企业为员工支付各项免税之外的保险金，应在企业向保险公司缴付时（即该保险落到被保险人的保险账户）并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。
《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税〔2006〕10号）第一条规定，企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。根据国家税务总局相关解释，对于企业计提的补充医疗保险，在计提环节量化到个人名下的，在计提环节并入工资、薪金征税；对不能量化到个人名下的，在报销环节并入工资、薪金征税。
补充养老保险费、补充医疗保险费如何税前扣除？
企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，准予扣除。
企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十五条
自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
