员工住宿费是可以根据用途的不同用于抵扣的，除了以下情况不得抵扣其他情况可以抵扣：
1、住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣;
2、住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣;
其次开票方的纳税人规模不同抵扣率也有所不同，具体如下：
1、住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%;
2、住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6%;
员工出差发生的住宿费怎么入账?
住宿费通常与车票、机票等一并计入“差旅费”科目，根据发生的部门不同分别计入“销售费用——差旅费”、“管理费用——差旅费”或“研发支出——差旅费”。
会计分录如下：
1、销售部门
借：销售费用——差旅费
贷：库存现金/银行存款
2、管理部门
借：管理费用——差旅费
贷：库存现金/银行存款
3、研发部门
借：研发支出——差旅费
贷：库存现金/银行存款
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