企业重组业务是目前最复杂涉税业务，有时一个重组业务就几乎能将所有的税种一网打尽，而目前好多相关税务文件在理解上还存在歧义，由于纳税人在涉税业务上处于弱势群体，这些歧义的存在会给纳税人带来极大的税务风险，所以在设计重组方案时应反复推敲，尽可能绕过这些歧义之处，从而减少企业的涉税风险。
下面这个案例便是通过重组步骤的调整，出现柳暗花明又一村的效果，使企业绕过相关涉税歧义，减少了重组业务的税负。
案例：乙企业为甲企业的全资子公司，在2004年，甲公司和乙公司共同投资设立M公司，其中：甲公司占51%股份，乙公司占49%股份。在2012年，甲公司准备吸收合并M公司，并以现金的方式换取乙公司49%股权。此时M公司有存货、设备、房屋、土地、债权、债务等。
相关涉税分析：
1、企业所得税：
根据《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第六条（四）规定：企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按以下规定处理……由于甲企业全部以现金作为支付对价，不符合股权支付金额不低于其交易支付总额的85%的规定，所以上述企业重组只能采取一般性税务处理。
2、增值税和营业税：
根据《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）和《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第51号）规定，M公司，将全部实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给甲公司，不属于增值税、营业税的征税范围，不用缴纳增值税和营业税。
3、土地增值税：
根据《财政部
国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]第048号）的第二条关于企业兼并转让房地产的征免税问题时规定：“在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。”，M公司将自己的房屋、土地转让到兼并企业甲公司中，暂免征收土地增值税。
4、印花税：
甲公司与乙公司应就签订的股权转让合同，按产权转移收据0.05%缴纳印花税。
5、契税：
根据《财政部
国家税务总局关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》（财税[2012]4号）三条公司合并的规定：两个或两个以上的公司，依据法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续的，对其合并后的公司承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。上述重组中，甲公司吸收合并M公司后，持有49%股份乙公司被甲公司收购其股份，导致不能满足“原投资主体存续的”的条件，从而不能免征契税。
根据（财税[2012]4号）第八条规定：同一投资主体内部所属企业之间土地、房屋权属的划转，包括母公司与其全资子公司之间，同一公司所属全资子公司之间，同一自然人与其设立的个人独资企业、一人有限公司之间土地、房屋权属的划转，免征契税。上述重组不能满足“母公司与其全资子公司之间土地、房屋权属的划转”这一条件，从而也不能免征契税。
当然，由于乙公司是甲公司的全资子公司，上述重组业务从根源上来说，可以满足（财税[2012]4号）第三条“原投资主体存续的”和第八条“同一投资主体内部所属企业之间土地、房屋权属的划转”的条件，可以免征契税，但由于税企双方在理解上存在歧义，在税务实践中形成很大的争议。
由于契税的相关规定在理解上存在歧义，如果不缴纳契税，会给纳税人带来很大的涉税风险，如果缴纳契税，纳税人会有所不甘，因为随着房屋、土地价值的不断攀升，契税的涉税金额往往很大，缴纳契税，会给企业带来很大的税收负担。能不能通过另外一种途径，使其符合财税[2012]4号的规定，从而免交契税呢？
其实，上述重组方案稍加改动，就能使企业免交契税。上述重组方案可以分两步走：
第一步：甲公司首先收购乙公司持有M公司49%的股份，从而使M公司成为甲公司的全资子公司。
第二步：甲公司将M公司吸收合并。
通过上述方案，M公司便完全符合财税[2012]4号第三条和第八条的规定，可以冠冕堂皇的免交契税，而无任何税企争议。
企业通过上述方案是否符合（财税[2009]59号）第六条（四）规定“同一控制下且不需要支付对价的企业合并”从而适用特殊性税务处理呢？
答案是否定的。根据财税[2009]59号第十条“企业在重组发生前后连续12个月内分步对其资产、股权进行交易，应根据实质重于形式原则将上述交易作为一项企业重组交易进行处理”规定（即多步骤交易原则），由于上述重组发生12个月内，可以看做是一项交易，其结果还是因为全部以现金支付对价的原因而不能享受特殊性税务处理。当然如果上述两步的间隔超过12月，则可以适用特殊性税务处理了。
