在税法原理上，零税率代表有纳税义务，只不过由于税率是“零”，计算出的应纳税额是零。免税是指免除了纳税义务。零税率与免税有重要的差别：
虽然两种方法看似都是对某些纳税人或征税对象给予鼓励、扶持或照顾的特殊规定。但是，由于增值税有一个链条的原则，免税对于一般纳税人因为不征收销项税额，同时进项税额不可抵扣应该转出。免税开票时只能开具增值税普通发票，对购买方来说不能取得专票从而不能抵扣，导致增值税抵扣链条中断。
而零税率，增值税链条并没有断，所以是不必要进行进项转出，为了生产零税率而购入的产品或服务等的进项是可以抵扣的。增值税零税率不仅是本交易环节（或流通环节）的增值额部分不用缴纳增值税，而且，以前各交易环节（或流通环节）的累积增值额也不用缴纳增值税，具体通过允许免抵或免抵退进项税额来实现。零税率比免税还优惠。
在适用范围上，增值税零税率仅仅适用于境内单位和个人发生的跨境应税行为，而增值税免税政策不限于跨境应税行为，也适用于境内发生的应税行为。
零税率是增值税税率的一种，所以增值税零税率政策仅适用于一般纳税人，不适用于小规模纳税人。增值税免税政策适用于一般纳税人和小规模纳税人。
在税款计算上，实行零税率的其进项税额允许抵扣，涉及进项税额的退还。同时，销售零税率的货物，其销售额计入全部销售额，销项税额为0。因此，零税率货物进项税额需要进行核算，销项税额不需要进行核算。免税的进项税额不允许抵扣，会计核算中进项税额直接计入货物的成本。销售免税货物，只能开具普通发票，其收入计入销售收入，不计算销项税额。因此，免税货物的进项税额与销项税额都不需进行核算。
在税务管理要求上，零税率是增值税的一档税率，只要符合文件规定，就可以适用零税率，无须税务机关审批或备案。免征增值税属于税收优惠，要按照税收优惠管理的相关要求，或先经税务机关审批，或报送税务机关备案。
总之，两者之间的主要差别在于：零税率进项税额可以抵扣（形式上表现为退税）；免税进项税额不能抵扣
适用零税率的服务项目
中华人民共和国境内（以下称境内）的单位和个人销售的下列服务和无形资产，适用增值税零税率：
（一）国际运输服务。
国际运输服务，是指：
1.在境内载运旅客或者货物出境。
2.在境外载运旅客或者货物入境。
3.在境外载运旅客或者货物。
（二）航天运输服务。
（三）向境外单位提供的完全在境外消费的下列服务：
1.研发服务。
2.合同能源管理服务。
3.设计服务。
4.广播影视节目(作品)的制作和发行服务。
5.软件服务。
6.电路设计及测试服务。
7.信息系统服务。
8.业务流程管理服务。
9.离岸服务外包业务。
离岸服务外包业务，包括信息技术外包服务（ITO）、技术性业务流程外包服务（BPO）、技术性知识流程外包服务（KPO），其所涉及的具体业务活动，按照《销售服务、无形资产、不动产注释》相对应的业务活动执行。
10.转让技术。
（四）财政部和国家税务总局规定的其他服务。
