由于兼营行为所涉及的税率与服务范围不同，需要分以下两种情况处理：
1.纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务，应当分别核算不同税率货物或者应税劳务的销售额;未分别核算销售额的，从高适用税率。
2.纳税人销售货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产适用不同的税率或者征收率的，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额，未分别核算销售额的，按照以下方法适用税率或者征收率：
(1)兼有不同税率的销售货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，从高适用税率。
(2)兼有不同征收率的销售货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，从高适用征收率。
(3)兼有不同税率和征收率的销售货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，从高适用税率。
3.纳税人兼营免税、减税项目的，应当分别核算免税、减税项目的销售额;未分别核算的，不得免税、减税。
兼营与混合销售的区别
兼营是指纳税人经营的业务中,有两项或多项销售行为，但是这二项或多项销售行为没有直接的关联和从属关系，业务的发生互相独立。如纳税人即有销售货物业务，又有不动产出租的业务，还有销售金融服务的业务;而混合销售是一项销售行为，虽然既涉及货物又涉及服务，但二者之间有直接关联或互为从属关系。如商场销售空调的同时提供送货上门、安装服务。
在实务中，混合销售和兼营行为容易混淆，两者的共同点是都包括销售货物与提供营业税应税劳务两种行为。不同点是混合销售行为强调在同一项销售行为(同一业务)中存在两者的混合且价款难以分清，兼营行为强调是在纳税人的经营活动中存在着两类不同性质的应税项目，即不是在同一销售行为(同一业务)中发生或不同时发生在同一个购买者(客户)身上。因此混合销售和兼营行为的判定标准，主要是看其销售货物行为与提供劳务的行为是否同时发生在同一业务中，如果是，则为混合销售行为;如果不是，则为兼营行为。
混合销售和兼营行为的性质有别，故其纳税原则也不相同。前者是以纳税人的经营主业为标准划分，就全部销售收入(营业额)只征一种税，或征增值税，或征营业税;而后者强调纳税人能够分别核算、准确核算，则分别征收增值税和营业税，否则由主管税务机关核定其应税行为营业额和货物或者应税劳务的销售额。
