根据国家税务总局公告［2011］第050号《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》的规定：对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。增值税一般纳税人由于除本公告第二条规定以外的其他原因造成增值税扣税凭证逾期的，仍应按照增值税扣税凭证抵扣期限有关规定执行。
客观原因包括如下类型：（一）因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；（二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；（三）有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；（四）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；（五）由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；（六）国家税务总局规定的其他情形。
因此，若你公司逾期未认证抵扣的原因属于公告所述的客观原因，可向其主管税务机关申请抵扣进项税额。但如果你公司是由于疏忽导致发票逾期未认证，不属于公告所述的客观原因，则此发票不得抵扣，只能由公司承担此损失，公司有权向直接责任人追偿。
发票如何作废处理？
1、作废增值税专用发票最重要的是在开票系统里作废，在发票填开窗口里有个发票作废一栏，单点需要作废的发票，将其点成深色，再点击下面的作废按钮，这张发票就在税务系统里作废了，这才叫真正的作废，就可以不用上税了。然后再对纸质发票作废，这就是次要的了，如果单位有作废章，盖作废章看起来正规点，如果单位没有作废章，就直接用笔写在发票上（发票自带复写，每一张都作废了），然后将作废的三联发票保管好（很重要，一定不能遗失），留单位备查就行了。
2、作废发票必须是当月的发票，如果跨月的发票，是不可能作废的（金税系统里是不认可的），只能采取开红字的方式冲掉该发票（开红冲发票有专门的手续，你应该知道）。
3、不明白你为什么问敲章的事，只要电脑系统里作废了，盖不盖章都是废票了，如果电脑系统里不作废，就是你盖满了作废章，一样的要求你上税视同正常发票的，而跨了月的发票是根本不可能作废的，更谈不上盖作废章了。
